在西九州新幹線部份開通後，來往長崎時間節省不少，加上多文化景點、美食及世界文化遺產軍籃島，在長崎市內住宿數天是不錯的選擇。
由於景點主要集中眼鏡橋一帶，所以JR長崎站一帶相對沒那麼方便，要選擇的話最好鄰近路面電車站，例如附近有「ドン・キホーテ 浜町店」(唐吉訶德)的「觀光通」電停站、一醒來可以步行前往軍艦島碼頭的「大波止」站等(第一班船約早上9點開出) ，都是能夠兼顧移動及生活機能的好地方。
如果打算往佐世保等地，筆者建議直接住在佐世保較好，因為長崎往佐世保單程火車(快速)需時1小時50分(高速巴士約1.5小時)，比往博多的時間還要長…(新幹線+特急，約1.5小時)，所以先攻好北面的佐世保及平戶，再南下攻略島原半島、諫早及長崎市會更有效率。
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